Kring år 1900 var det dags för en ny restaurering. Med målningarna arbetade man enligt den metod som var vanlig då. Först knackade man fram det medeltida originalet som hade varit dolt under överkalkningen. Sedan ritade man av alla dekorationerna runt själva figurerna. Därefter täckte man över dekorationerna med puts. På denna nya putsyta målade man upp dekorationerna på nytt, och då med utgångspunkt från de uppritade kalkerade kopiorna. Själva figurerna blev också täckta med puts, men bara ett tunt lager, tillräckligt tunt för att originalet skulle synas igenom putsen. Och på det tunna putsskiktet målades till sist figurerna upp på nytt.

Man kan fråga sig varför konservatorn gjorde sig så mycket besvär. Varför inte nöja sig med det första arbetsmomentet, att ta bort putsen från 1700-talet? Ett svar på det är att man tyckte det var viktigt att bättra på det som var otydligt av medeltidsmålningarna. De hade försämrats under årens lopp, framförallt genom att de blivit skadade vid de två tillfällen när kyrkan brunnit, åren 1666 och 1723. Nu ville man fylla i skadade partier så att målningarna blev kompletta och så att de skulle få ett enhetligt och vackert utseende. Här ett exempel på hur resultatet kunde bli. Bilden är hämtad från vapenhuset och föreställer det judiska folket som tar emot manna från himlen.

Självklart finns det enorma problem med denna arbetsmetod. Ett är att det är lätt att misstolka vad de ursprungliga målningarna föreställer när man ska fylla i och bättra på. Så blev det också med målningarna i Spånga. Här och var målade man till detaljer som inte alls hade där att göra. Ett ganska grovt exempel är bilden som föreställer staden Jisreel med omnejd, och där krigaren Jehu som nyss utfört ett mord på den israeliska drottning Isebel syns i förgrunden. Personen på bilden tolkade man som Jesus, och sceneriet trodde man var "Jesus i örtagården".

Ett annat problem är att en hel del av de medeltidsmålningar som faktiskt funnits kvar innan man började med restaureringen nu blev förstörda. I själva verket åstadkom konservatorn 1905 på en enda gång mera skador på medeltidsmålningarna än både bränder, överkalkning och annat slitage kunnat göra under alla de tidigare 500 åren. Idag skulle heller ingen arbeta på det sätt som man då gjorde Spånga kyrka.